Действие аниме разворачивается во вселенной, где события связаны с оригинальным сериалом Mobile Suit Gundam. В предыдущей истории молодой пилот Амуро Рэй сражался на стороне Земной Федерации против Герцогства Зион. Федерация одержала победу, однако конфликт не завершился. В результате возникла организация «Союз борьбы с Землей» (СБЗ).
Основной целью СБЗ стало уничтожение военизированной группы «Титаны». В состав Союза вошли бывшие пилоты как Земной Федерации, так и Герцогства Зион. Через несколько лет, в 87 году Вселенского века, происходит инцидент с участием Камиля Видана. После ареста за драку он совершает побег на экспериментальном мобильном костюме Gundam. Это стало возможным из-за хаоса, вызванного атакой СБЗ на военный объект.
После побега Камиль попадает в руки членов СБЗ. Перед ним встает задача определить, кто является союзником, а кто противником. Выбор осложняется тем, что под угрозой оказываются жизни его родителей. В результате юноша решает изменить свое восприятие сторон конфликта, поменяв местами категории «своих» и «чужих».